Ndërsa virusi i frutave me domate në kafe Rugose infekton bimët e domates dhe piperit në të gjithë globin, kompanitë e farërave po punojnë në mbarështimin e një domate rezistente.
Burime të pasura gjenetike dhe gjenomike ishin në dispozicion për mbarështuesit e domateve edhe para fillimit të projekteve të sekuencave gjenomike të domates. Koleksione të mëdha të germplasmës së domateve janë krijuar prej kohësh në disa vende. Më shumë se 75,000 aderime të domateve ruhen në bankat e gjeneve në të gjithë botën. Një nga më të mëdhatë është banka e geneve USDA në Gjenevë, NY.
Sekuencimi i gjenomit të domates u iniciua në 2005 si një përpjekje shumëkombëshe midis 14 vendeve dhe përfundoi në 2012. Këto përpjekje janë përshpejtuar shumë me aplikimin e inteligjencës artificiale, të mësuarit makinerik dhe algoritmeve të përparuara për të analizuar sasi të mëdha të të dhënave gjenetike dhe fenotipike.
Pan-gjenoma e domates
Studiuesit nga Instituti Boyce Thompson në vitin 2020 krijuan një gjenomë referimi me cilësi të lartë për domate të egra për të prodhuar një pan-gjenom domate më të plotë dhe të dobishëm. Ata zbuluan pjesë të gjenomit që qëndrojnë në themel të aromës, madhësisë dhe pjekjes së frutave, tolerancës ndaj stresit dhe rezistencës ndaj sëmundjes. Pjesërisht falë teknologjive më të përparuara të sekuencave që mund të lexojnë pjesë shumë të gjata të ADN-së, gjenomi i referencës është më i plotë dhe i saktë se baza e të dhënave ekzistuese.
Teknologjitë e vjetra të sekuencave që lexojnë pjesë më të shkurtra të ADN-së identifikojnë mutacionet në nivelin me një bazë të vetme. Sidoqoftë, ata nuk janë të mirë për të gjetur variante strukturore siç janë futjet, fshirjet, përmbysjet ose dublikimet e copave të mëdha të ADN-së.
Në vitin 2019, një grup ndërkombëtar studiuesësh ndërtuan një pan-gjenom domate duke përdorur sekuenca gjenome nga 725 varietete përfaqësuese filogjenetikisht dhe gjeografikisht. Kjo bazë e të dhënave përfshin 4,873 gjene që nuk gjenden në gjenomin origjinal të referencës. Analizat e variacioneve të tanishme / mungojnë zbuluan humbje të konsiderueshme të gjeneve dhe përzgjedhje intensive negative të gjeneve dhe promovuesve gjatë zbutjes dhe përmirësimit të domates.
Lexoni artikullin e plotë në www.seedworld.com.